Lo bueno del cyanogen hoy en día es que con solo descargar el instalador (en celular y PC) te hace todo el trabajo. La que uno baja usualmente es la stable, pero mientras no tenga necesidad de instalar versiones anteriores (o betas), despreocupese de eso, que el instalador le pondrá la que tenga soporte oficial por ellos.
Es importante aclarar que esto no aplica a todos los modelos. Por ejemplo el Moto G, lo tienes que hacer todo manual.