Hola.
Hospedaje, conozco un Hotel que se llama Antonio Nariño, recomendado. y tienen incluso unas posadas paralelas de menor costo.
Para los planes, hay bastante que hacer.... aunque veo que va en plan netamente familiar, hay unos monasterios, el museo de chocolate, la plaza del municipio, un parque arqueológico con fósiles y esas cosas y varios museos.
Le recomendaría mucho ir hasta Ráquira a dar una vuelta y ver/comprar artesanías, queda como a 20 minutos de Villa de Leyva, con waze no tiene pierde.
Este link puede ser de utilidad:
http://automovilescolombia.com/foros/temas/paseitos-de-un-solo-día.1330/page-19
De regreso a Bogotá desde Villa de Leyva, a la gente no le gusta, pero yo recomiendo tomar la vía Villa de Leyva - Samacá y salir al puente de Boyacá y así tomar doble calzada Tunja - Bogotá.