1. No necesariamente, en particular cuando pasa de liquidarse por factura a las bases de datos del ministerio, los vehiculos nuevos se liquidan por el valor de factura sin incluir el IVA, luego la base de un vehiculo que costo 50 millones incluyendo un 20% de IVA (varía según tipo vehículo) es de 41.666.000, si el año siguiente el avaluo comercial estuviera en 45 millones, obviamente el impuesto sube pero teoricamente no se vuelve a presentar pues en las tablas del ministerio los avaluos disminuyen año a año. Lo del primer año ocurre para no generar un impuesto sobre otro impuesto, en este caso vehículos sobre IVA. Según la fecha de compra puede darse el pago según factura por dos años. Si el vehiculo pasa de tarifa de 1.5% a 2.5% el siguiente año por efecto de las tablas, podrá mantener la tarifa anterior del 1.5% con el nuevo avalúo.
2. El problema es cuando la base de liquidación decretada por el ministerio esta sobre avaluada, no es coherente con el mercado y se termina pagando más impuesto del debido lo cual claramente es el caso por los precios de mercado que usted presenta. Cuando esto se presenta el ministerio puede entrar a revisar y corregir los avaluos si recibe solicitudes para ello por parte de los ciudadanos. Si lo desea hacer, deberá presentar una solicitud ante el Ministerio de Transporte para que previo estudio, mediante acto administrativo modifique o adicione la resolución que establece el avalúo si a ello hubiere lugar, exponiendo los argumentos respectivos, para el caso es la resolución 5408 del 2 de diciembre de 2013 del Ministerio de Transporte. Puede radicar en el Ministerio de Transporte mediante solicitud o para mayor celeridad mediante derecho de petición, aunque las dos formas deberían tener el mismo tratamiento y si definitivamente no tiene tiempo o los medios para hacerlo lo mínimo es exponer la solicitud mediante el formato en línea de Contactenos del ministerio en:
https://www.mintransporte.gov.co/loader.php?lServicio=Contactenos
No es lo mismo pero eventualmente pueden darle tramite a la solicitud por este medio, es importante guardar el comprobante de radicado. Entre más solicitudes se reciban para un mismo vehiculo por parte de distintos ciudadanos, puede tener más efecto.
3. Normalmente en abril de cada año el ministerio resuelve las correcciones a la tabla a las que hubiere lugar, mientras sucede debe pagar según el avalúo actual y eventualmente puede solicitar a hacienda el mayor valor pagado si hubiere una modificación por parte del ministerio, pero estas devoluciones son algo dispendiosas en tiempo y tramite.